Prólogo (): En 2025, dos hombres llamados David Mason y Michael Harper llegan a una residencia en Estados Unidos. Allí se topan con Frank Woods (personaje de Call of Duty: Black Ops), antiguo sargento del MACV SOG al que se dió por muerto durante la Guerra de Vietnam. Woods cuenta que sobrevivió a su encuentro con Lev Kravchenko y fue capturado y llevado a Hanói, de donde fue rescatado por Alex Mason, padre de David Mason. Harper le pregunta información sobre Raul Menéndez, el terrorista más buscado del mundo y dirigente de una organización llamada Cordis Die.
Victoria pírrica (): Tras volver al servicio, Woods fue enviado en una misión secreta a Angola, pero desapareció. Jason Hudson, agente de la CIA, fue a buscar al hombre que mejor lo conocía, Alex Mason, para que fuera a encontrarlo. En Angola, Mason colaboró con Jonas Savimbi, dirigente del grupo guerrillero UNITA, el cual le dijo que Woods estaba prisionero de un narcoterrorista llamado Raúl Menéndez. Tras encontrar a Woods medio muerto en una barcaza, Mason se topa con Menéndez, el cual está colaborando con los cubanos. En un encuentro, Mason dispara a Menéndez en la cara y huye junto a Hudson y Woods de los soldados cubanos. Personaje Jugable: Alex Mason.
Celerio (): De nuevo en el presente, Woods les dice que la nueva Guerra Fría está marcada por la posesión de "minerales extraños" controlados por China y que permiten la construcción de nuevas y mejores armas. Mason, Harper y Salazar se trasladan a Myanmar, donde se está llevando a cabo la fabricación de un artefacto hecho de celerio, un extraño mineral. Al llegar a la base, eliminan a los mercenarios cubanos de Menéndez y llegan a un laboratorio escondido en unas ruinas. Dentro, encuentran a un científico que les muestra el celerio, un objeto