En el Half-Life original, una “cascada de resonancia” abre una grieta dimensional, que hace que extraterrestres de Xen se teletransporten en Black Mesa.
Los científicos y los guardias de seguridad que sobreviven luchan para escaparse. Respondiendo rápidamente, los militares de Estados Unidos inician una operación masiva de “limpieza” para suprimir la presencia extraterrestre en el Black Mesa así como “silenciar” cualquier testigo. Cuando el juego comienza, Shephard es parte de esta operación. Después de que su avión de transporte sea derribado y que el resto de su unidad muera, se aborta la misión de “limpieza” y Shephard reúne fuerzas con los supervivientes dispersados que buscan escape.
En su camino se encontrará con una hasta ahora desconocida raza, la "Raza X". Una raza hostil tanto a los humanos como a algunos tipos de Xenianos.
Mientras que la batalla comienza a favorecer al ejército extraterrestre, Shephard observa que las fuerzas militares han ordenado salir de allí. Las fuerzas de los Black Ops (vistos brevemente en el primer juego) están actuando independientemente de los infantes de marina; siendo enemigos tanto de HECU como de Black Mesa y los Xenianos; tratan de controlar la situación; pero esto claramente no es posible, y deciden hacer detonar Black Mesa con una bomba termonuclear. Shephard desactiva la bomba pero ve más adelante a G-Man que la reactiva.
Luego de que el protagonista Adrian Shepard logra vencer al extraterrestre proveniente de Xen éste es teletransportardo a un avión (Osprey) similar al cual viajaba Adrian junto con otros cabos al principio, donde también se encuentra G-man y le explica que debe dejarlo detenido en un lugar donde él no pueda revelar nada de lo ocurrido en los Laboratorios de Black Mesa.
Si los de xen quieren invadirnos antes pasaran por ensima de mi cadaver hecu y por en sima de mi ejercito armados asta los dientes